Insgesamt wurden 69 Gewebeproben verunglückter Fischotter genetisch untersucht. Davon konnten für die genetischen Auswertungen 64 Gewebeproben erfolgreich an allen Mikrosatellitenloci genotypisiert werden. Eine Probe wies fehlende Daten für drei Loci auf, vier andere für jeweils einen Locus, was darauf zurückgeführt werden kann, dass die beprobten Kadaver eventuell eine bereits eine zu starke Verwesung aufwiesen. Da ein Tier zweimal beprobt wurde, liegen die genetischen Gewebeproben somit für 68 Fischotter vor, von denen 54 Proben aufgrund ihrer Fundorte als Referenzwerte für die Quellpopulationen dienen (Sachsen: 12, Tschechien: 42). 14 Gewebeproben verunglückter Fischotter stammten aus dem engeren Erzgebirge im Projektgebiet und konnten hinsichtlich ihrer Populationszugehörigkeit analysiert werden. 12 dieser Tiere waren Männchen, nur zwei der Individuen waren Weibchen.

Von den 79 gesammelten Proben aus Losung konnten 46 (=58 %) erfolgreich ausgewertet werden, was einer überdurchschnittlichen Erfolgsrate bei nichtinvasiven Ottergenetikstudien entspricht (zwischen 14 % und 73 %; siehe Hájková et al., 2009). Insgesamt konnten 13 weibliche und 14 männliche Tiere aus 27 Fischotter-Individuen identifiziert werden. Von 13 Tieren wurden mehrmals Losungen gesammelt.

Somit konnten für das Projektgebiet insgesamt 41 Individuen genotypisiert werden (26 Männchen, 15 Weibchen).

Die Ergebnisse zeigen, dass die drei Populationen aus Sachsen, dem Erzgebirge und Südböhmen in zwei Cluster getrennt werden können. Die sächsischen Referenzproben und die Mehrheit der Individuen aus dem Erzgebirge zeigen keine signifikante Differenzierung und bilden ein Cluster, was sich klar von den Individuen der südböhmischen Population mit einen hohen Grad an genetischer Differenzierung abtrennen lässt. Sechs Proben der Individuen aus dem Erzgebirge zeigten genetische Merkmale von südböhmischen Fischottern, während ein Individuum sogar eindeutig den Referenzproben aus Südböhmen zugeordnet werden konnte.

Dieses Resultat deutet darauf hin, dass die im Erzgebirge lebenden Fischotter hauptsächlich sächsischen Ursprungs sind. Es kann allerdings von einem anhaltenden Genfluss zwischen den beiden Clustern ausgegangen werden, wie die Entdeckung von gemischterbigen und einem reinen südböhmischen Tier zeigt. Dass die Mehrheit der Individuen im Erzgebirge genetisch der sächsischen Population entspricht, zeigt jedoch, dass der genetische Austausch zwischen dem Erzgebirge und Südböhmen entweder noch in einem frühen Stadium ist, oder, dass Ausbreitungbarrieren den Genfluss aus den südlichen Populationen behindern.

Die Werte für die genetische Diversität der drei regional getrennten Populationen stimmen mit den moderaten Diversitätsniveaus, die in der Studie über Otterpopulationen von Mucci et al., 2010 gefunden wurden überein. Es ergeben sich keine Hinweise auf signifikant genetische Verarmung oder erhöhte Inzucht in der Erzgebirgspopulation. Die Heterozygotiewerte der Erzgebirgspopulation sind etwas höher, als die der sächsischen und südböhmischen Individuen, was sich durch die bereits erwähnte Beimischung von Tieren aus Sachsen und Südböhmen erklären lässt. Durch den bestehenden Genfluss aus Südböhmen, weist zudem der Inzuchtkoeffizient (F) der Erzgebirgspopulation einen negativen Wert auf.